Специалист по молекулярному моделированию в стартап по разработке лекарств

Описание

Чем предстоит заниматься: → Разрабатывать и автоматизировать пайплайны вычислений, связанных с малыми молекулами, белками и их комплексами, методами молекулярной динамики.→ Проводить расчёты, связанные с оптимизацией параметров белков (стабильность, аффинность, и др.) и комплексов лиганд-белок.→ Подготавливать базы данных малых молекул и комплексов лиганд-белок для обучения ИИ.→ Осуществлять бенчмаркинг результатов ИИ моделей с помощью классических методов молекулярного моделирования.→ Участвовать в разработке проприетарного программного обеспечения.→ Участвовать в подготовке публикаций в научных журналах и докладов на конференциях. Что важно в опыте: → Знание основ структурной биологии, органической химии, понимание цикла разработки лекарственных препаратов и релевантных вычислительных методов.→ Базовые навыки программирования на языке Python и работы в командной строке Unix.→ Уверенное владение теоретической базой метода молекулярной динамики биомолекул и его приложений, знание принципов конструирования силовых полей AMBER и CHARMM, в т. ч. общих силовых полей для малых молекул (GAFF, CGenFF).→ Опыт работы в пакетах NAMD и/или GROMACS и в сопутствующих программах, сервисах и библиотеках (например, CHARMM-GUI, Antechamber, ParmEd), в т.ч. в программах визуализации (VMD, PyMOL).→ Опыт работы с программами для моделирования белковых структур (AlphaFold, RosettaFold, I-TASSER).→ Плюсом будут знания в области квантовой химии и навыки работы в соответствующих программных пакетах (ORCA, Gaussian, TeraChem и т.д.), опыт параметризации малых молекул (например, с помощью плагина ForceField Toolkit программы VMD), владение фреймворком Rosetta, знание языка программирования С++. Условия: → Очный формат работы (возможен гибридный формат по договоренности), офис в Сколтехе.→ IT аккредитация, отсрочка.→ Гибкое начало дня.→ Оформление по ТК РФ.→ ДМС.